สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2555 นับเป็นสำนักวิชาลำดับที่ 11 ของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง และเป็นโรงเรียนแพทย์ในจังหวัดเชียงรายของรัฐที่จัดตั้งขึ้นเป็นลำดับที่ 19 ของประเทศไทย โดยในช่วงแรกได้ร่วมมือกับทางโรงพยาบาลในสังกัดของสำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร และกระทรวงสาธารณสุขในการร่วมผลิตแพทย์ตามนโยบายโครงการผลิตแพทย์เพิ่มแห่งประเทศไทย และหลังจากนั้นสำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จึงเริ่มพัฒนาโรงพยาบาลศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักในการทำการเรียนการสอนของนักศึกษาแพทย์ โดยมีความร่วมมือระหว่างเครือข่ายกับโรงพยาบาลที่เป็นสถาบันร่วมผลิตแพทย์ ทั้ง 3 แห่งในการพัฒนาทางด้านวิชาการและบริการร่วมกัน